Az elvonulás változást hozott írói munkásságában: alapos történelmi tanulmányok és kutatómunka után nagyregények írásába kezdett. Az Egri csillagok történelmi síkján "- És most magam esküszöm – szólt Dobó, két ujját a feszületre emelve. – Esküszöm, hogy a vár és az ország védelmére fordítom minden erőmet és gondolatomat, minden csepp véremet! Esküszöm, hogy ott leszek a veszedelemben veletek! Esküszöm, hogy a várat pogány kezére jutni nem engedem! Sem a várat, sem magamat élve meg nem adom! Gárdonyi géza élete vázlat füzet. Föld úgy fogadja be testemet, ég a lelkemet! Az örök Isten taszítson el, ha eskümet meg nem tartanám! " (Gárdonyi Géza: Egri csillagok) A Pesti Hírlap 1899 karácsonyán kezdte közölni leghíresebb történelmi tárgyú regényét, az Egri csillagok at, amely 1901-ben könyv alakban is megjelent. A mű megírásához a magyar történelemnek egy különösen hősi pillanata, a török elleni várvédő harcok időszaka, a város szeretete és a házából is látható vár képe adott ihletet. Az Egri csillagok mindmáig az egyik legolvasottabb magyar regény, amelyből Várkonyi Zoltán készített látványos filmet Szász Endre díszletterveivel és parádés szereposztással.
De most, a mi boldogtalan üdőnkben, oly gyengék vagyunk, hogy efféle szokatlan dolgokat nehéz csak elhinnünk is: mert meg nem gondoljuk, hogy az Isten országát erővel kell nyernünk; azaz: magunkon erőszakot kell tennünk, kedvünket meg kell szegnünk, magunkat meg kell sanyargatnunk, ha el akarjuk kapni a mennyországot. És valakik Krisztushoz tartoznak, meg kell magok testét feszíteniek, kívánságinak öldöklésével. " (Pázmány Péter: A keresztyén özvegyasszony tüköre) Saját halálának óráját is megjósolta: 1270. január 18-án halt meg a margitszigeti kolostorban, egy héttel 28. születésnapja előtt. Gárdonyi géza élete vázlat készítése. (Legrégebbi életrajzában, amely feltehetően Marcellustól, a gyóntatójától származik, 1271 áll, s ezt az évszámot vésték a szimbolikus sírkövére is. Ez az adat bizonyosan téves, hiszen a tanúvallomások szerint szombaton halt meg, ami 1270-ben esett január 18-ára. ) Ravatalát 1271 körül Albert és Péter lombardiai szobrászok faragták meg vörös, egyes részeit pedig fehér márványból. Boldoggá avatására már 1276-ban sor került, szentté avatására azonban évszázadokat kellett várni.