Némely egyedeknél a fülön és a lábujjakon is szőrpamacsok vannak. A test karcsú, de izmos, a lábak hosszúak és karcsúak. A hátsó lábak jóval hosszabbak, ám olyan a szögellésük, hogy a farrész nem emelkedik meg. A fej finom, az arccsontok határozottak, a szemek nagyok és oválisak, a fülek nagyok, egyenesen felfelé állók. Mozgás Mivel igen jó ugró, ráadásul nagy magasságokba képes felugrani, a macskabútor kiválasztására érdemes figyelmet fordítani. Az ideális macskabútor magas, és sok kihívást rejt magában a játékokkal, pihenőhelyekkel. Szereti az interaktív játékokat is, hiszen ez idő alatt is a szeretett gazdával lehet. A csonkafarkú nem csak játékos, de nagyon okos is. Imádja a kihívást jelentő játékokat, legyen az bármilyen. Kifejezetten gyorsan tanul trükköket, és gyorsan elsajátítja a pórázon sétálás művészetét is. Ha a gazda leül, biztos lehet abban, hogy macskája pillanatok alatt az ölében terem. Nevelés Könnyű együtt élni egy japán csonkafarkúval. Ez a fajta jól alkalmazkodik a család napirendjéhez, amíg megkapja a számára szükséges játékidőt és lehetőséget, no és persze a napi kényeztetést.
Engelbert Kaempfer így fogalmazott: "csak egyfajta macskát tartanak. Szőrén nagy sárga, fekete és fehér foltok vannak; rövid farka úgy néz ki, mintha elgörbült és eltört volna. Esze ágában sincs patkányokra és egerekre vadászni, csak a nőkkel hordoztatja és simogattatja magát". Német utazónk ellenérzéseivel ellentétben Judy Crawford sok potenciált látott ezekben a macskákban, ugyanis hazatérése után tenyészteni kezdte őket. A japán csonkafarkú macska szexepilje Bár német barátunk komikusan azt írta, hogy a fajta farka olyan, mintha letörték volna, szerencsére ez nem emberi beavatkozás eredménye, hanem egy különleges mutációé. Ennek ellenére, ha olyan farkú macskával párosodik a japán csonkafarkú, aki nem hordozza ezeket a géneket, akkor a kiscicák egytől-egyig hosszúfarkúak lesznek. De nem csak a farok kinézetében jellegzetes a fajta, hanem színeiben és mintázatában is. Ugyanis fekete, fehér, vörös foltjaikról könnyedén megismerhetők. Ez japánul a kalikó mintázat, ami szó szerint háromszőrűt jelent.
A mancsok oválisak. A farok a japán csonkafarkú egyik jellegzetessége. Minden más macskától eltér. A farok nagyon rövid, és általában egy vagy több csavar, kunkor vagy hajlat látható rajta. Legvége nem lehet távolabb a testtől nyolc centiméternél. Lényegtelen, hogy az állat hogyan tartja a farkát; ez egyénenként változó. Mindenesetre a faroknak harmonizálnia kell a többi testrésszel. A hosszú szőrű macskáknál a farok "pompomot" formázhat. A hímek szembetűnően nagyobbak, mint a nőstények. FEJ Szemből nézve a fej háromszög alakú (ha a fület nem nézzük). Szembetűnő a széles pofacsontja, a bajuszpárnák mögötti ránc ("pinch" vagy "bajusztörés") és a nagy, ovális szemei. A pofa nagyon széles és kerek, és nem lehet hegyes vagy rövid. Az orrvonal hosszú, és enyhén bemélyed szemmagasságban vagy kicsit lejjebb. A nagy- fülek egyenesen és távol állnak egymástól. SZŐRZET A bunda szerkezete selymes, aljszőrzete nincs. A hosszú szőrű japán csonkafarkúnál a szőr természetesen hosszabb, de minden esetben simulnia kell a testhez, és nem lehet túl rugalmas.
A fajta jellegzetessége természetesen a rövid "nyuszifarok", mely lehet merev vagy ruganyos, egy vagy több ívvel vagy töréssel, ideálisan a testtől maximum háromhüvelyknyire, azaz 7, 5 cm-re. A farok szőrzet némileg pom-pom-os megjelenést ad a rövidszőrűnél, hosszúszőrű esetében pedig olyan, mint a krizantém. A fajta minden egyede más és más farokkal bír, olyan, mintha ez lenne az ujjlenyomatuk. Mindig óvatosan bánjon a farokkal, különösen, ha inkább merev, mintsem rugalmas. Ismert még a csonkafarkú trikolór szőréről. Japánul ezt "mi-ke" névvel illetik, mely nagyjából háromszínűt jelent. Emellett népszerű szín még a fekete-fehér és a vörös-fehér kombináció is. Előfordul a fajta egyszínű változatban is, de lehet teknőctarka vagy tabby. A szemszín bármilyen lehet, akár kék, vagy felemás is. A selymes szőrzet lehet rövid vagy hosszú. Mind a két szőrhossz esetében minimális az aljszőr. A hosszúszőrűek nyaka körül gazdag szőrgallér van, de hosszú a bunda a hason, és jelentősen hosszabb a farkon és a hátsó lábakon, ahol bricseszt alkot.